Zdaniem Wnioskodawcy:

Ad. 1.

W ocenie A. nie miał on prawa do obniżenia kwot podatku należnego o kwoty podatku naliczonego wynikającego z faktur dokumentujących koszty bezpośrednie, tj. nabycie towarów i usług związanych bezpośrednio z realizacją Projektu.

Stosownie do art. 86 ust. 1 uptu, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Opisana w tym przepisie zasada uprawnia podatnika prowadzącego działalność gospodarczą w rozumieniu uptu do odliczenia podatku naliczonego tylko w przypadku, w którym nabycie towarów i usług związane jest z wykonywaniem czynności opodatkowanych rozumianych (co do zasady) jako czynności efektywnie opodatkowane, tj. inne niż czynności zwolnione z opodatkowania.

Tymczasem realizacja Projektu, jak wskazano w opisie stanu faktycznego, nie jest związana ze sprzedażą opodatkowaną A.. Zakończenie realizacji Projektu może w dalszym horyzoncie czasowym stanowić punkt wyjścia do rozpoczęcia prac rozwojowych, a dopiero prowadzenie tych prac umożliwi w przyszłości ewentualną komercjalizację i sprzedaż opodatkowaną. Zakończenie realizacji Projektu nie pozwala tym samym nawet na określenie, czy taka komercjalizacja będzie możliwa.

Wobec braku związku nabyć opisanych we wniosku jako koszty bezpośrednie, po stronie A. nie istniało prawo do obniżenia kwot podatku należnego o kwoty podatku naliczonego wynikające z faktur dokumentujących nabycia towarów i usług opisanych jako koszty bezpośrednie.

Ad. 2.

W ocenie A. miał on prawo do obniżenia kwot podatku należnego o kwoty podatku naliczonego wynikającego z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług związanych z realizacją Projektu, w przypadku których nie istnieje możliwość pełnego przyporządkowania do Projektu (koszty pośrednie), na zasadach proporcjonalnego odliczenia, o którym mowa w art. 90 ust. 2-4 uptu.

Jak zostało wskazane w opisie stanu faktycznego, w poszczególnych latach podatkowych, w których nabywane były towary i usługi objęte zapytaniem, A. prowadził zarówno sprzedaż opodatkowaną podatkiem od towarów i usług, jak i sprzedaż zwolnioną z tego podatku, a do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur dokumentujących nabycia towarów i usług stosowane jest obecnie (i było stosowane w latach wcześniejszych) proporcjonalne odliczenie, o którym mowa w art. 90 ust. 2 uptu.

Brak możliwości przyporządkowania podatku naliczonego do czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do odliczenia i do czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje przesądza o prawidłowości (i konieczności) stosowania proporcjonalnego odliczenia, o którym mowa w art. 90 ust. 2 uptu - tj. za pomocą proporcji obliczanej zgodnie z art. 90 ust. 3 i 4 uptu.

W świetle obowiązującego stanu prawnego stanowisko Wnioskodawcy w sprawie oceny prawnej przedstawionego stanu faktycznego jest prawidłowe w zakresie pytania 1 i nieprawidłowe w zakresie pytania 2.

Na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r., Nr 177, poz. 1054, z późn. zm.), zwanej dalej ustawą, opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlegają odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju. Z treści art. 7 ust. 1 powołanej ustawy wynika, że dostawą towarów, o której mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1, jest przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel. Natomiast, w myśl art. 2 pkt 6 ustawy towarami są rzeczy oraz ich części a także wszelkie postacie energii.

Jak stanowi art. 8 ust. 1 ustawy, przez świadczenie usług, o którym mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1, rozumie się każde świadczenie na rzecz osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, które nie stanowi dostawy towarów w rozumieniu art. 7.

W myśl art. 15 ust. 1 ustawy, podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą, o której mowa w ust. 2, bez względu na cel lub rezultat takiej działalności.

Stosownie do art. 86 ust. 1 ustawy, w zakresie w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124.

Zgodnie z art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. a ustawy, kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług.

Z powyższego wynika, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do czynności opodatkowanych. Przedstawiona wyżej zasada wyklucza możliwość dokonania odliczenia podatku naliczonego przez podmiot niebędący czynnym zarejestrowanym podatnikiem podatku VAT oraz podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku i niepodlegających temu podatkowi.

Podkreślić należy, że ustawodawca stworzył podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części, pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno przesłanek pozytywnych, wynikających z art. 86 ust. 1 ustawy oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Przepis ten określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Zgodnie z art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy, nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku gdy transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku.

Jedno z takich ograniczeń zostało wskazane w art. 88 ust. 4 ustawy, zgodnie z którym obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się również do podatników, którzy nie są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni zgodnie z art. 96, z wyłączeniem przypadków, o których mowa w art. 86 ust. 2 pkt 7.

Należy zauważyć, że formułując w art. 86 ust. 1 ustawy warunek związku ze sprzedażą opodatkowaną, ustawodawca nie uzależnia prawa do odliczenia od związku zakupu z obecnie wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi. Wystarczającym jest, że z okoliczności towarzyszących nabyciu towarów lub usług przy uwzględnieniu rodzaju prowadzonej przez podatnika działalności gospodarczej wynika, że zakupy te dokonane są w celu ich wykorzystania w ramach jego działalności opodatkowanej.

Zatem w podatku od towarów i usług obowiązuje zasada tzw. niezwłocznego odliczenia podatku naliczonego. Zasada ta wyraża się tym, że podatnik, aby skorzystać z prawa do odliczenia, nie musi czekać, aż nabyty towar lub usługa zostaną odsprzedane lub efektywnie wykorzystane na potrzeby działalności opodatkowanej.

Istotna jest intencja nabycia jeśli dany towar (usługa) ma służyć wykonywaniu czynności opodatkowanych wówczas po spełnieniu wymienionych w art. 86 ustawy wymogów formalnych odliczenie jest prawnie dozwolone, oczywiście jeżeli nie wyłączają go inne przepisy ustawy lub aktów wykonawczych.

O związku bezpośrednim dokonywanych zakupów z działalnością gospodarczą można mówić wówczas, gdy nabywane towary lub usługi służą np. dalszej odsprzedaży, bowiem bezpośrednio wiążą się z czynnościami opodatkowanymi wykonywanymi przez podatnika.

Natomiast, ze związkiem pośrednim mamy do czynienia w sytuacji, gdy ponoszone wydatki nie mają bezpośredniego odzwierciedlenia w osiąganych obrotach, jakkolwiek ich ponoszenie warunkuje uzyskanie obrotu opodatkowanego podatkiem od towarów i usług.

Aby jednak można było wskazać, że określone zakupy mają pośredni związek z działalnością, istnieć musi związek przyczynowo-skutkowy pomiędzy dokonanymi zakupami towarów i usług a powstaniem obrotu. O pośrednim związku dokonanych zakupów z działalnością podatnika można mówić wówczas, gdy zakup towarów i usług przyczynia się pośrednio do uzyskania obrotu przez podatnika poprzez wpływ na ogólne funkcjonowanie przedsiębiorstwa jako całości.

Należy zaznaczyć, że nie zawsze możliwe jest wskazanie na ścisłe powiązanie podatku naliczonego z konkretnymi czynnościami opodatkowanymi wykonywanymi przez podatnika. Ważne jest jednak, by związek ten w chwili dokonywania zakupów był oczywisty, a nabyte towary i usługi muszą w sposób niewątpliwy służyć czynnościom opodatkowanym. Okoliczności towarzyszące konkretnej transakcji zakupu towaru lub usługi powinny wskazywać jednoznacznie, że zakup ten dokonany został w celu jego wykorzystania w ramach działalności opodatkowanej podatnika, przy uwzględnieniu rodzaju prowadzonej lub planowanej przez niego działalności gospodarczej. Co do zasady więc, odliczeniu powinien podlegać taki podatek naliczony, który zawarty jest w cenie towarów nabytych w celu wykonania czynności opodatkowanych.

W orzeczeniu TSUE z dnia 8 lutego 2007 r. Investrand BV przeciwko Staatssecretaris van Financiën C-435/05 Trybunał w tezie 24 wskazał, że prawo do odliczenia zostaje przyznane podatnikowi nawet w przypadku braku bezpośredniego i ścisłego związku pomiędzy konkretną transakcją powodującą naliczenie podatku, a jedną lub kilkoma transakcjami objętymi podatkiem należnym, które rodzą prawo do odliczenia, gdy koszty usług stanowią część kosztów ogólnych podatnika i jako takie stanowią element cenotwórczy dla dostarczanych towarów lub świadczonych usług. Koszty te zachowują bowiem bezpośredni i ścisły związek z całą działalnością gospodarczą podatnika.

Z kolei w wyroku Trybunału Sprawiedliwości z dnia 21 lutego 2013 r. C-104/12 Zaznaczono jednak, że podatnik korzysta również z prawa do odliczenia również w sytuacji braku bezpośredniego związku między konkretną transakcją na wcześniejszym etapie obrotu a transakcją lub transakcjami na późniejszym etapie obrotu, powodującymi powstanie prawa do odliczenia, jeżeli cena nabycia otrzymanych świadczeń wchodzi w zakres ogólnych kosztów działalności podatnika i stanowi w związku z tym element ceny dostarczanych przez niego towarów lub świadczeń. Tego rodzaju koszty mają bowiem bezpośredni związek z całością działalności gospodarczej podatnika.

Z wniosku wynika, że Wnioskodawca jest instytutem badawczym prowadzącym działalność w zakresie:

• prowadzenia badań naukowych i prac rozwojowych,
• przystosowywania wyników badań naukowych i prac rozwojowych do potrzeb praktyki,
• wdrażania wyników badań naukowych i prac rozwojowych w dziedzinie pozostałych nauk przyrodniczych i technicznych a w szczególności: nauk technicznych w zakresie inżynierii materiałowej, elektroniki, fotoniki, optoelektroniki, informatyki, inżynierii środowiska, technologii chemicznej, metrologii; nauk przyrodniczych w zakresie fizyki i chemii; międzydyscyplinarnych nauk z przewagą nauk przyrodniczych i technicznych z uwzględnieniem nanotechnologii.

Powyższa działalność prowadzona jest w ramach dotacji budżetowych otrzymywanych na realizację projektów badawczych i badawczo-rozwojowych oraz projektów badawczo rozwojowych finansowanych z funduszy strukturalnych oraz przez Unię Europejską w ramach programów ramowych.

Ponadto Wnioskodawca w ograniczonym zakresie prowadzi także działalność gospodarczą polegającą głównie na wynajmie lokali i sprzedaży usług naukowo-badawczych na zlecenie konkretnych odbiorców. Uzyskane z tej działalności dochody zgodnie ze statutem przeznaczone są na finansowanie działalności podstawowej A.. Działalność gospodarcza A. obejmuje zarówno sprzedaż opodatkowaną podatkiem od towarów i usług, jak sprzedaż zwolnioną z tego podatku. Co do zasady do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur dokumentujących nabycia towarów i usług przez A. stosowane jest obecnie (i było stosowane w latach wcześniejszych) proporcjonalne odliczenie, o którym mowa w art. 90 ust. 2 ustawy.

A. obecnie realizuje m.in. PROJEKT BADAWCZY STOSOWANY na podstawie umowy zawartej z B. (dalej: B.) (dalej: Projekt). Projekt realizowany jest przez konsorcjum trzech podmiotów: A., C. i P. (dalej: P.). A. pozostaje liderem konsorcjum.

Idea realizowanego Projektu polega na osiągnięciu następujących celów:

1. otrzymanie monokryształów spinelu magnezowo-glinowego domieszkowanych kobaltem Co:MgAl204 jako nieliniowych absorberów w paśmie bezpiecznym dla oka (ok.1550 nm),
2. otrzymanie bardzo dobrej jakości trwałego termicznie szkła fosforanowego domieszkowanego erbem i iterbem jako materiału aktywnego,
3. opanowanie termicznego łączenia specjalnie przygotowanych płytek szkła i monokryształu (w procesie tzw. termobondingu) w trwałe złącze nie degradujące własności obu ośrodków,
4. zbadanie własności zintegrowanej struktury w różnych warunkach pobudzania materiału aktywnego w celu ustalenia warunków dla otrzymania mikrolaserów do zastosowań militarnych (głównie dalmierze), oraz cywilnych (dalmierze w budownictwie, samochodach, kolejnictwie; teledetekcja - m.in. w tomografii komputerowej; telekomunikacja i in.)
5. wykonanie mikrolaserów, które zostaną przetestowane w istniejącej już głowicy dalmierczej.

Wyniki prac realizowanego Projektu, w szczególności o charakterze praw własności przemysłowej, praw autorskich (w tym know-how) pozostaną własnością członka konsorcjum, który je opracował. W przypadku wspólnego uzyskania wyników prac, prawa autorskie, wzory użytkowe, wynalazki, prawa patentowe będą przysługiwać członkom konsorcjum proporcjonalnie do ich wkładu (merytorycznego, rzeczowego, finansowego) w realizację Projektu.

Wyniki Projektu mogą w przyszłości posłużyć komercjalizacji. Przy tym wyniki badań będą jedynie podstawą prowadzenia dalszych badań i prac rozwojowych w ramach nowych projektów o charakterze wdrożeniowym, bądź w ramach projektu wdrożeniowego zainicjowanego przez zainteresowane przedsiębiorstwa. W Projekcie osiągnięto V poziom gotowości technologicznej (technology readiness level - TRL) według metodyki stosowanej przez B., tzn. zweryfikowano komponenty lub podstawowe podsystemy technologii w środowisku zbliżonym do rzeczywistego. Podstawowe komponenty technologii są zintegrowane z rzeczywistymi elementami wspomagającymi. Technologia może być przetestowana w symulowanych warunkach operacyjnych. Poziom V TRL według wskazanej wyżej metodyki mieści się w zakresie badań przemysłowych definiowanych w ustawie z 30 kwietnia 2010 r. o zasadach finansowania nauki (t.j. Dz. U. z 2014 r., poz. 1620 ze zm.; dalej: uzfn). Badania przemysłowe w rozumieniu art. 2 pkt 3 lit. c) uzfn to badania mające na celu zdobycie nowej wiedzy oraz umiejętności w celu opracowywania nowych produktów, procesów i usług lub wprowadzania znaczących ulepszeń do istniejących produktów, procesów i usług; badania te uwzględniają tworzenie elementów składowych systemów złożonych, budowę prototypów w środowisku laboratoryjnym lub w środowisku symulującym istniejące systemy, szczególnie do oceny przydatności danych rodzajów technologii, a także budowę niezbędnych w tych badaniach linii pilotażowych, w tym do uzyskania dowodu w przypadku technologii generycznych. Badania przemysłowe w projektach B. obejmują jeszcze poziom VI TRL. Dopiero po zakończeniu badań przemysłowych możliwe jest przejście do prac rozwojowych, definiowanych w art. 2 pkt 3 lit. d) uzfn jako nabywanie, łączenie, kształtowanie wykorzystywanie dostępnej aktualnie wiedzy i umiejętności z dziedziny nauki, technologii i działalności gospodarczej oraz innej wiedzy i umiejętności do planowania produkcji oraz tworzenia i projektowania nowych, zmienionych lub ulepszonych produktów, procesów i usług, z wyłączeniem prac obejmujących rutynowe i okresowe zmiany wprowadzane do produktów, linii produkcyjnych, procesów wytwórczych, istniejących usług oraz innych operacji w toku, nawet jeżeli takie zmiany mają charakter ulepszeń, w szczególności:

1. opracowywanie prototypów i projektów pilotażowych oraz demonstracje, testowanie i walidację nowych lub ulepszonych produktów, procesów lub usług w otoczeniu stanowiącym model warunków rzeczywistego funkcjonowania, których głównym celem jest dalsze udoskonalenie techniczne produktów, procesów lub usług, których ostateczny kształt nie został określony,
2. opracowywanie prototypów i projektów pilotażowych, które można wykorzystać do celów komercyjnych, w przypadku gdy prototyp lub projekt pilotażowy stanowi produkt końcowy gotowy do wykorzystania komercyjnego, a jego produkcja wyłącznie do celów demonstracyjnych i walidacyjnych jest zbyt kosztowna.

We wspomnianej metodyce B. prace rozwojowe obejmują poziomy VII-IX. Na chwilę obecną zatem wyniki Projektu nie mogą być nawet wykorzystane w żadnej sprzedaży opodatkowanej prowadzonej przez A., mogą co najwyżej stanowić punkt wyjścia do dalszych prac rozwojowych, które dopiero doprowadzą do komercjalizacji i możliwości uruchomienia sprzedaży opodatkowanej. Co więcej, osiągnięty w Projekcie V stopień gotowości technologii jest zbyt niski, aby możliwe było już na ten moment podjęcie decyzji o komercjalizacji Projektu. Warto zauważyć, że osiągnięcie poziomu VII TLR wymaga zademonstrowania, że rozwijana technologia jest możliwa do zastosowania w warunkach operacyjnych, zatem ten stopień może zostać osiągnięty dopiero po zakończeniu poziomu VI, który w niniejszym Projekcie nie został osiągnięty.

Na chwilę obecną wyniki badań nie będą stanowiły podstawy wdrożenia nowych technologii do produkcji, tym samym nie będą stanowiły jakiegokolwiek przedmiotu sprzedaży.

A. jest zarejestrowanym czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług. W ramach realizacji Projektu A. dokonywał nabycia niezbędnych towarów i usług - nabycia te dokumentowane były fakturami. Nabycia towarów i usług można podzielić na dwie grupy. Pierwsza grupa dotyczy nabyć towarów i usług związanych tylko i wyłącznie z realizacją Projektu (dalej: koszty bezpośrednie). Druga grupa dotyczy nabyć towarów i usług związanych całą działalnością A. (np. media, materiały biurowe, drobne usługi serwisowe sprzętu) - są to koszty pośrednie (ogólne i wydziałowe), których precyzyjne przyporządkowanie do konkretnych projektów realizowanych przez A. nie jest możliwe (dalej: koszty pośrednie). Dla celów dofinansowania koszty te przyporządkowuje się do projektów ryczałtowo (traktuje się jako kwalifikowane koszty w wysokości 30% kosztów bezpośrednich). A. nie dokonywał obniżenia kwot podatku należnego o kwoty podatku naliczonego wynikającego z otrzymanych faktur dokumentujących nabycia towarów i usług z grupy pierwszej. Natomiast odliczenie podatku naliczonego w zakresie nabyć towarów i usług z z grupy drugiej (koszty pośrednie) następowało w oparciu o proporcję, o której mowa w art. 90 ust. 3 i 4 ustawy, uwzględniającą sprzedaż opodatkowaną i zwolnioną A.

Ad. 1

W związku z tak przedstawionym opisem sprawy Wnioskodawca powziął wątpliwość dotyczącą prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego od zakupów towarów i usług stanowiących koszty bezpośrednie w związku z realizacją ww. projektu badawczego.

Z uwagi na wskazany art. 86 ust. 1 ustawy stwierdzić należy, że skoro jak wskazano w stanie faktycznym - Instytut nie wykorzystuje efektów projektu do czynności opodatkowanych VAT, to w niniejszej sprawie nie zostaną spełnione podstawowe warunki uprawniające do odliczenia podatku od towarów i usług, zawartego w fakturach VAT dokumentujących zakupy związane z realizacją wskazanego projektu - brak związku dokonanych zakupów ze sprzedażą opodatkowaną.

W konsekwencji, Instytut nie ma prawa do obniżenia w całości lub w części kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego związanego z wydatkami poniesionymi w ramach realizacji opisanego projektu badawczego.

Zatem, w analizowanej kwestii, stanowisko Wnioskodawcy uznaje się za prawidłowe.

Ad. 2.

Wątpliwości Wnioskodawcy dotyczą również prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego od zakupów towarów i usług stanowiących koszty pośrednie w związku z realizacją ww. projektu badawczego. Przy czym podkreślić należy, że w związku z realizacją projektu koszty pośrednie związane są z czynnościami opodatkowanymi, zwolnionymi oraz niepodlegającymi opodatkowaniu.

Zgodnie z art. 90 ust. 1 ustawy w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.

Jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, o których mowa w ust. 1, to na mocy art. 90 ust. 2 ustawy podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, z zastrzeżeniem ust. 10.

Na podstawie art. 90 ust. 3 ustawy proporcję, o której mowa w cyt. wyżej ust. 2, ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo.

Art. 90 ust. 4 ustawy stanowi, że proporcję, o której mowa w ust. 3, określa się procentowo w stosunku rocznym na podstawie obrotu osiągniętego w roku poprzedzającym rok podatkowy, w odniesieniu do którego jest ustalana proporcja. Proporcję tę zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej.

W świetle art. 90 ust. 5 ustawy do obrotu, o którym mowa w ust. 3, nie wlicza się obrotu uzyskanego z dostawy towarów i usług, które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, oraz gruntów i praw wieczystego użytkowania gruntów, jeżeli są zaliczane do środków trwałych podatnika używanych przez podatnika na potrzeby jego działalności.

Ponadto, w myśl art. 90 ust. 6 ustawy do obrotu, o którym mowa w ust. 3, nie wlicza się obrotu uzyskanego z tytułu transakcji dotyczących:

• pomocniczych transakcji w zakresie nieruchomości i pomocniczych transakcji finansowych;
• usług wymienionych w art. 43 ust. 1 pkt 7, 12 i 38-41, w zakresie, w jakim transakcje te mają charakter pomocniczy.

Zgodnie z art. 90 ust. 8 ustawy podatnicy, którzy w poprzednim roku podatkowym nie osiągnęli obrotu, o którym mowa w ust. 3, lub u których obrót ten w poprzednim roku podatkowym był niższy niż 30.000 zł, do obliczenia kwoty podatku naliczonego podlegającej odliczeniu od kwoty podatku należnego przyjmują proporcję wyliczoną szacunkowo, według prognozy uzgodnionej z naczelnikiem urzędu skarbowego, w formie protokołu.

W oparciu o art. 90 ust. 9 ustawy przepis art. 90 ust. 8, stosuje się również, gdy podatnik uzna, że w odniesieniu do niego kwota obrotu, o której mowa w tym przepisie, byłaby niereprezentatywna.

Na mocy art. 90 ust. 9a ustawy przy ustalaniu proporcji zgodnie z ust. 2-6 do obrotu nie wlicza się kwoty podatku.

Stosownie do treści art. 90 ust. 10 ustawy w przypadku gdy proporcja określona zgodnie z ust. 2-8:

• przekroczyła 98% oraz kwota podatku naliczonego niepodlegająca odliczeniu, wynikająca z zastosowania tej proporcji, w skali roku, była mniejsza niż 500 zł podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 100%;
• nie przekroczyła 2% podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 0%.

W swoim orzecznictwie TSUE w sprawie Portugal Telecom SGPS SA. (C-496/11 z 26 września 2012 r.) zauważył, że jeżeli towary i usługi są wykorzystywane przez podmiot w celu dokonywania jednocześnie transakcji gospodarczych dających prawo do odliczenia i transakcji gospodarczych niedających prawa do odliczenia, odliczenie jest dopuszczalne jedynie w części VAT, który jest proporcjonalny do kwoty przypadającej na pierwsze transakcje i krajowy organ podatkowy może przewidzieć jedną z metod ustalania prawa do odliczenia wymienionych w rzeczonym art. 17 ust. 5 VI dyrektywy. Jeżeli towary i usługi są jednocześnie wykorzystywane do działalności gospodarczej i działalności niegospodarczej, art. 17 ust. 5 VI dyrektywy nie znajduje zastosowania, a metody odliczenia i podziału są określane przez państwa członkowskie, które przy wykonywaniu tego prawa powinny uwzględniać cel i systematykę VI dyrektywy i w tym celu przewidzieć metodę obliczania rzeczywiście odzwierciedlającą część wydatków faktycznie przypadających odpowiednio na każdy z tych dwóch rodzajów działalności.

Należy stwierdzić, że podatnikowi nie przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT zarówno w części, która jest związana ze sprzedażą zwolnioną, jak również w odniesieniu do tej części, która związana jest z czynnościami będącymi poza systemem VAT.

Rozpatrując prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o podatek naliczony, należy mieć na uwadze, że system odliczenia ma na celu całkowite uwolnienie przedsiębiorcy od ciężaru VAT zapłaconego lub podlegającego zapłacie w ramach prowadzonej przez niego działalności gospodarczej. Natomiast nie daje uprawnienia do odliczenia w przypadku czynności będących poza zakresem działalności gospodarczej. Oznacza to, że podatnik nie może domagać się prawa do odliczenia podatku naliczonego, nie płacąc podatku należnego.

Z uwagi na treść cytowanych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług należy zauważyć, że obowiązkiem Wnioskodawcy jest przypisanie konkretnych wydatków do określonego rodzaju sprzedaży, z którymi wydatki te są związane. Wnioskodawca zatem powinien odrębnie określić, z jakim rodzajem działalności będzie związany podatek wynikający z otrzymanych faktur zakupu, czyli dokonać tzw. alokacji podatku do czynności wykonywanych w ramach realizacji działalności gospodarczej (opodatkowanych i zwolnionych) oraz działalności niemającej charakteru gospodarczego (działalność statutowa).

W odniesieniu do stosowanej metody wyodrębnienia podatku należy wskazać, że sposób wyodrębnienia kwot podatku naliczonego związanego ze sprzedażą opodatkowaną, winien mieć charakter obiektywny, determinowany okolicznościami sprawy. Wybór metody wyodrębnienia kwot podatku naliczonego należy wyłącznie do obowiązków Wnioskodawcy, gdyż metoda takiego wyodrębnienia nie została określona w ustawie, ani w przepisach wykonawczych do ustawy. Ważne jest jedynie by przyjęta metoda stanowiła właściwe odzwierciedlenie odliczenia podatku naliczonego związanego z czynnościami opodatkowanymi. Jednakże należy podkreślić, że wyłącznie Wnioskodawca znający specyfikę, organizację i podział pracy w swojej jednostce jest w stanie wyodrębnić część podatku naliczonego, związaną z czynnościami podlegającymi opodatkowaniu, a nie organ podatkowy w trybie interpretacji indywidualnej.

Stanowisko Organu znajduje potwierdzenie w wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z 29 lipca 2014 r., sygn. akt I SA/Wr 754/14 , w którym Sąd stwierdził, że: () racje ma organ podatkowy, powołując się na treść art. 86 ust. 1 ustawy o VAT i wskazując, że prawo do odliczenia VAT z tytułu zakupu usług prawnych przysługuje skarżącemu w części związanej z jego działalnością gospodarczą, zaś w części nie związanej z działalnością gospodarczą podatnika prawo takie nie przysługuje. Tym samym nie podzielono zarzutów skargi wskazujących na naruszenie ww. przepisu.

Jednocześnie podkreślenia wymaga fakt, że podatnik jest zobowiązany do przyjęcia przy odliczeniu podatku VAT naliczonego obiektywnego kryterium zapewniającego, że obliczenie proporcji pomiędzy działalnością gospodarczą a działalnością niemającą charakteru gospodarczego będzie obiektywnie odzwierciedlało część wydatków faktycznie przypadającą odpowiednio na każdy z tych rodzajów działalności. Zatem możliwe jest zastosowanie jakiegokolwiek sposobu rozdziału dokonanych zakupów towarów i usług pod warunkiem jednak, że gwarantuje on najdokładniejsze ustalenie kwoty podatku naliczonego do odliczenia (vide: wyrok TSUE w sprawie C-511/10 pkt 23 i 24).

Odliczyć zatem można w całości podatek naliczony, który jest związany z transakcjami opodatkowanymi podatnika. Wskazana zasada wyłącza tym samym możliwość dokonywania odliczeń podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku oraz niepodlegających temu podatkowi. Jednocześnie z zasady tej wynika, że odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych, z pominięciem tej części podatku od tych towarów i usług, w jakiej towary te (usługi) są wykorzystywane do wykonywania czynności zwolnionych od podatku lub niepodlegających temu podatkowi.

W sytuacji, gdy nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot podatku związanego z czynnościami, w stosunku do których przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego oraz kwot podatku naliczonego związanego z czynnościami, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do proporcjonalnego rozliczenia podatku naliczonego, zgodnie z art. 90 ust. 2 ustawy.

Należy jednak podkreślić, że przepisy dotyczące zasad odliczania częściowego, zawarte w art. 90 ustawy, znajdują zastosowanie wyłącznie w odniesieniu do czynności wykonywanych w ramach działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy. Dotyczą zatem czynności podlegających opodatkowaniu (opodatkowanych i zwolnionych). Natomiast nie dotyczą czynności, które nie podlegają przepisom ustawy. W świetle powyższego należy stwierdzić, że czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług nie powinny być uwzględniane w proporcji, o której mowa w art. 90 ust. 2 i 3 ustawy.

Fakt ten nie stanowi jednak przesłanki do przyznania prawa do odliczenia podatku naliczonego w związku z wykonywaniem czynności niepodlegających opodatkowaniu. Oznacza to jedynie, że czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem VAT znajdują się poza zakresem ustawy o podatku od towarów i usług oraz ich wykonywanie, nie może stanowić podstawy do realizowania przewidzianych w niej praw. W odniesieniu do zakupów towarów i usług związanych z czynnościami opodatkowanymi, zwolnionymi z podatku i niepodlegającymi opodatkowaniu, proporcję tę należy stosować wyłącznie do tej części podatku naliczonego, która będzie związana z działalnością gospodarczą Wnioskodawcy, tj. z czynnościami opodatkowanymi podatkiem VAT oraz zwolnionymi od podatku. Należy bowiem mieć na uwadze, że prawo do odliczenia podatku naliczonego występuje wyłącznie zgodnie z ogólną zasadą wynikającą z art. 86 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług w części związanej z czynnościami opodatkowanymi.

Zatem podatek naliczony od wydatków poniesionych przez Wnioskodawcę nie może uprawniać do odliczenia w zakresie, w jakim dotyczy działalności, która ze względu na brak jej gospodarczego charakteru nie należy do zakresu stosowania ustawy o podatku od towarów i usług, a odliczenie podatku naliczonego jest dopuszczalne tylko w takim zakresie, w jakim wydatki te można przyporządkować działalności podlegającej VAT w rozumieniu ustawy o podatku od towarów i usług.

W tym miejscu wskazać należy, że w wyroku C-515/07 z 12 lutego 2009 r., dotyczącym Stowarzyszenia, które prowadziło działalność opodatkowaną i niepodlegającą opodatkowaniu, w pkt 34-35, Trybunał zauważył, że: Bezsporny jest fakt, że taka działalność, jak działalność polegająca na tym, że dane stowarzyszenie broni ogólnych interesów swoich członków, nie stanowi działalności opodatkowanej podatkiem [VAT] w rozumieniu art. 2 pkt 1 dyrektywy, jeżeli nie polega ona na odpłatnym dostarczaniu towarów lub świadczeniu usług (zob. podobnie wyrok z dnia 12 stycznia 2006 r. w sprawach połączonych C-354/03, C-355/03 i C-484/03 Optigen i in., Zb.Orz. s. I 483, pkt 42 i przytoczone tam orzecznictwo). Jeśli chodzi o to, czy taką działalność można uznać za wykonywaną w innych celach w rozumieniu art. 6 ust. 2 lit. a) dyrektywy, należy stwierdzić, że w sprawie C 437/06 Securenta, w której wyrok, zapadły w dniu 13 marca 2008 r., Zb.Orz. s. I 1597, został ogłoszony po złożeniu wniosku o wydanie orzeczenia w trybie prejudycjalnym w niniejszej sprawie, Trybunał rozpoznawał między innymi pytanie, w jaki sposób, w przypadku podatnika wykonującego jednocześnie działalność gospodarczą i niemającą charakteru gospodarczego, należy ustalać prawo do odliczenia naliczonego podatku VAT.

W tym względzie Trybunał zwrócił uwagę, w pkt 26 tego wyroku, że działalność niemająca charakteru gospodarczego nie należy do zakresu przedmiotowego dyrektywy, wskazując jednocześnie w pkt 28 tego wyroku, że system odliczeń ustanowiony przez dyrektywę dotyczy całej działalności gospodarczej podatnika, niezależnie od jej celów i wyników, pod warunkiem że te ostatnie co do zasady same podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT (pkt 36).

W pkt 38 TSUE wskazał, że: Z rozważań tych wynika, że, jak wskazał rzecznik generalny w pkt 38 opinii, art. 6 ust. 2 lit. a) dyrektywy nie może być traktowany jako ustanawiający zasadę, zgodnie z którą czynności, które nie są objęte zakresem zastosowania podatku VAT można uznać za czynności wykonywane w celach innych niż związane z działalnością gospodarczą w rozumieniu tego przepisu. Taka wykładnia pozbawiłaby bowiem sensu art. 2 ust. 1 tejże dyrektywy.

Ponadto w pkt 40 uzasadnienia wyroku stwierdzono, że: W związku z tym na pierwsze pytanie należy odpowiedzieć w ten sposób, że art. 6 ust. 2 lit. a) i art. 17 ust. 2 dyrektywy należy interpretować w ten sposób, że nie mają one zastosowania do wykorzystywania towarów i usług zaliczonych do aktywów przedsiębiorstwa do celów realizacji czynności innych niż podlegające opodatkowaniu czynności podatnika, a VAT podlegający zapłaceniu z tytułu nabycia towarów i usług dotyczących takich czynności nie podlega odliczeniu.

Należy również zwrócić uwagę na orzeczenie TSUE z 13 marca 2008 r. w sprawie C 437/06, w którym Trybunał stwierdził, że: Podatek naliczony od wydatków poniesionych przez podatnika nie może uprawniać do odliczenia w zakresie, w jakim dotyczy działalności, która ze względu na brak jej gospodarczego charakteru nie należy do zakresu stosowania szóstej dyrektywy. () w przypadku, gdy podatnik wykonuje równocześnie działalność gospodarczą, opodatkowaną lub zwolnioną z podatku, i działalność niemającą charakteru gospodarczego, nienależącą do zakresu stosowania szóstej dyrektywy, odliczenie podatku naliczonego od wydatków związanych z emisją akcji i nietypowych cichych udziałów jest dopuszczalne tylko w takim zakresie, w jakim wydatki te można przyporządkować działalności gospodarczej podatnika w rozumieniu art. 2 pkt 1 tej dyrektywy (pkt 30 i 31).

Zatem wykorzystywanie przez Wnioskodawcę zakupów, w których cenie zawarty jest podatek naliczony zarówno do czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług, zwolnionych od podatku i niepodlegających opodatkowaniu tym podatkiem nie może uprawniać do odliczenia w zakresie, w jakim zakupy te dotyczą działalności, która ze względu na brak jej gospodarczego charakteru nie należy do zakresu stosowania ustawy o podatku od towarów i usług, bowiem odliczenie podatku naliczonego jest dopuszczalne tylko w takim zakresie, w jakim wydatki te można przyporządkować działalności gospodarczej podatnika, z tytułu której to działalności Instytut jest bez wątpienia podatnikiem podatku od towarów i usług.

W świetle tych ustaleń, prawo od odliczenia podatku naliczonego dotyczącego wydatków mieszanych (tj. towarów i usług związanych jednocześnie z czynnościami: opodatkowanymi podatkiem VAT, zwolnionymi od tego podatku oraz niepodlegającymi temu podatkowi) przysługuje wyłącznie w części związanej z wykonywaniem przez Wnioskodawcę czynności opodatkowanych podatkiem VAT, a istnienie tego prawa determinowane jest faktycznym wykorzystaniem wydatków na cele działalności gospodarczej. Zatem Instytut w odniesieniu do wskazanych we wniosku wydatków mieszanych, jest zobowiązany do zastosowania wstępnej alokacji podatku naliczonego w celu określenia kwoty podatku naliczonego związanego z działalnością gospodarczą Wnioskodawcy (tj. czynnościami opodatkowanymi i zwolnionymi od podatku) a następnie w celu odliczenia podatku naliczonego należy zastosować proporcję o której mowa w art. 90 ust. 3 ustawy.

Jak wyżej wykazano wstępnej alokacji, o której mowa, Wnioskodawca winien dokonać wg. wybranej przez siebie metody.

Następnie, w celu wyliczenia proporcji, o której mowa w przepisie art. 90 ust. 3 ustawy, Wnioskodawca pominie czynności niepodlegające opodatkowaniu, uwzględniając jedynie stosunek sprzedaży opodatkowanej podatkiem VAT do sprzedaży ogółem, tj. opodatkowanej i zwolnionej.

Podkreślenia również wymaga, że fakt, że czynności niepodlegające opodatkowaniu nie powinny być uwzględniane przy obliczaniu współczynnika proporcji o którym mowa w art. 90 ust. 23 ustawy, nie stanowi przesłanki do przyznania prawa do odliczenia podatku naliczonego w związku z wykonywaniem czynności niepodlegających opodatkowaniu. Oznacza to jedynie, że czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem VAT znajdują się poza zakresem ustawy o podatku od towarów i usług oraz ich wykonywanie, nie może stanowić podstawy do realizowania przewidzianych w niej praw. W odniesieniu do zakupów towarów i usług związanych z czynnościami opodatkowanymi, zwolnionymi z podatku i niepodlegającymi opodatkowaniu, proporcję tę należy stosować wyłącznie do tej części podatku naliczonego, która będzie związana z działalnością gospodarczą Wnioskodawcy, tj. z czynnościami opodatkowanymi podatkiem VAT oraz zwolnionymi od podatku. Podatek naliczony związany z czynnościami niepodlegającymi ustawie, w świetle art. 86 ust. 1, nie podlega odliczeniu. Jak wynika z konstrukcji cytowanych wyżej przepisów art. 86 ust. 1 i art. 90 ust. 2 i 3 ustawy obowiązkiem Wnioskodawcy w pierwszej kolejności jest wydzielenie podatku naliczonego związanego z czynnościami niepodlegającymi opodatkowaniu a dopiero do pozostałej części Wnioskodawca ma prawo zastosować odliczenie zgodnie z wyliczonym współczynnikiem proporcji. Należy bowiem mieć na uwadze, że prawo do odliczenia podatku naliczonego występuję wyłącznie zgodnie z ogólną zasadą wynikającą z art. 86 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług w części związanej z czynnościami opodatkowanymi.

Zatem, stanowisko Wnioskodawcy w zakresie pytania 2 należało uznać za nieprawidłowe.

Interpretacja dotyczy zaistniałego stanu faktycznego przedstawionego przez Wnioskodawcę i stanu prawnego obowiązującego w dacie zaistnienia zdarzenia w przedstawionym stanie faktycznym.

Stronie przysługuje prawo do wniesienia skargi na niniejszą interpretację przepisów prawa podatkowego z powodu jej niezgodności z prawem. Skargę wnosi się do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, ul. Jasna 2/4, 00-013 Warszawa po uprzednim wezwaniu na piśmie organu, który wydał interpretację w terminie 14 dni od dnia, w którym skarżący dowiedział się lub mógł się dowiedzieć o jej wydaniu do usunięcia naruszenia prawa (art. 52 § 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi Dz. U. z 2012 r., poz. 270 z późn. zm.). Skargę do WSA wnosi się (w dwóch egzemplarzach art. 47 ww. ustawy) w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia odpowiedzi organu na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa, a jeżeli organ nie udzielił odpowiedzi na wezwanie, w terminie sześćdziesięciu dni od dnia wniesienia tego wezwania (art. 53 § 2 ww. ustawy).

Skargę wnosi się za pośrednictwem organu, którego działanie lub bezczynność są przedmiotem skargi (art. 54 § 1 ww. ustawy) na adres: Izba Skarbowa w Warszawie Biuro Krajowej Informacji Podatkowej w Płocku, ul. 1-go Maja 10, 09-402 Płock.

Stanowisko

w części prawidłowe

Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie